司礼监掌印太监王安把这一密谋写成揭帖，告知外延大臣，揭发西李“欲拥立东朝（皇长子朱由校），仿前朝垂帘故事”。外延大臣议论纷纷，有人主张把皇长子托付给西李，杨涟奋起反对，认为万不可，他以先帝（即泰昌帝）为例，四十岁成为皇帝，尚且摆脱不了郑贵妃之流的毒手，何况年少的“今上”？一旦落入李、郑之手，我等恐无见“今上”之日。许多大臣表示赞同。
泰昌帝驾崩当日，杨涟、刘一燝等朝臣即直奔乾清宫，要求哭临泰昌帝，请见皇长子朱由校，商谈即位之事。但乾清宫门关着，大臣们排闼而进，阉宦挥梃乱打。诸臣强入，最终还是进入了乾清宫。哭临之后，却发现皇长子朱由校不见踪影，皇长子被西李选侍阻于暖阁。大学士刘一燝追问皇长子下落，乾清宫上下无人应答。刘一燝情急之下，声色俱厉，高声呼喊：“谁敢匿新天子者！”这话当然是说给里面的西李听的。
这时太监王安想了一计，打破了僵局。他是泰昌帝做太子时的伴读，历来与外延关系不错。他见此情形，便走到里面去见李选侍，说服李选侍同意让朱由校出来见群臣，履行一个拥戴新天子的手续。李选侍刚一松手，就反悔了，急忙又拉住由校的衣襟不放。王安哪里容得她变卦，一把抱起皇长子朱由校，拔腿就向乾清宫门外跑去，出了暖阁，群臣一见新天子终于露面，立刻伏地高呼“万岁”。而后，由王安开路，刘一璟抓住朱由校左手，英国公张惟贤抓住右手，把他扶上了御辇。慌忙中等不及轿夫了，就由大臣们自己抬起轿子就跑，直奔文华殿。
这一路，堪称惊心之途！不断有宦官从乾清宫里追出来，有的大喊：“拉少主何往？主年少畏人（主子年纪小怕外人啊）！”有的上去就拉住朱由校的衣服。这里面出力最甚的就是李进忠（魏忠贤）。杨涟大声呵斥，与宦官周旋。史载，此时刘一璟“傍辇疾行”，把靠近的宦官不断赶走，如是者三。那些奴才，也真够可怜的，一直有人跟在后面跑，凄声喊道：“哥儿却还！”（《明史？刘一璟传》）一直追到文华殿前，此处有听命于廷臣的锦衣卫戒备森严，宦官们才怅然而归。
文华殿内，群臣都在急等消息，见皇长子驾到，一片跪倒，口呼万岁，行君臣大礼。礼毕，群臣们就为新天子即位问题展开了激烈争论。有人认为此日午时就可即位，有人提出等到初三日即位。而护驾出宫出力最多的杨涟，则不同意仓促即位。他说：“今海宇清晏，宫内也无嫡庶争夺之嫌。老皇帝才死，尚未入葬，丧服临朝也不合礼制。”针对有人提出新天子登基则天下人心安定的说法，杨涟反驳说：“天下安与不安，不在于新天子即位的早晚。只要处之得宜，问题也不大。”最后，杨涟的意见占了上风，群臣们决定，另择吉日登基。但为防止皇长子落入李选侍手中，诸大臣暂将他安排在太子宫居住，由太监王安负责保护。
移宫
杨涟自以为此事处置得当，没想到被太仆少卿徐养量、御史左光斗劈头盖脸臭骂了一顿。他们连声严责杨涟不速立新君，是误了大事。他们指着他的鼻子骂道：“如果事情出了什么差错，你死后的一百多斤够天下人吃吗？”杨涟这才意识到事态严重。
其实，杨涟与左光斗，同是东林党人，后来也同列为“东林前六君子”，惨遭魏忠贤的毒手。左光斗之所以要如此严责杨涟，正是害怕夜长梦多，新君即位遇到麻烦。
到了九月初二，群臣怕夜长梦多，周嘉谟、杨涟、还有更为激进的御史左光斗等纷纷具疏，请西李“移宫”，理由很充分：对于“今上”而言，选侍李氏既非嫡母，又非生母，俨居正宫，而即将即位的皇长子却偏居慈庆宫，不得守几筵行大礼，典制乖舛，名分倒置。朝臣们要求西李移出乾清宫，迁居哕鸾宫，遭西李拒绝。李选侍又要求先封自己为皇太后，然后令朱由校即位，亦遭大臣们的拒绝，矛盾日渐激化。
性格刚烈的御史左光斗更是忍无可忍，他上了一个措辞激烈、言语刻薄的奏疏，要求西李立即移出乾清宫，到她该去的哕鸾宫去。《明史？左光斗传》中记载，其疏云：“及今不早决断，将借抚养之名，行专制之实，武氏之祸，再见于今，将来有不忍言者！”何为“武氏之祸”？就是武则天当国，改了天下的名号。左光斗这是把事情的危害说到了极致，顿时引起朝野震惊！西李见左光斗把她比作武则天，勃然大怒，多次派内侍宣召左光斗，都被左光斗严词拒绝。西李选侍企图邀朱由校到乾清宫议处左光斗，杨涟严词警告内侍：殿下在东宫为太子，今则为皇帝，选侍安得随意召见！鉴于西李迟迟不肯移宫，杨涟愤然上疏指责西李，“外托保护之名，阴怀专擅之实”，并且在朝房、掖门、殿廷等处反复宣传他的观点。有的太监为西李求情，杨涟断然拒绝：选侍能于九庙前杀我则已，今日若不移宫，至死不去。刘一璟、周嘉谟等大臣在一旁支持杨涟，声色俱厉。
至初五日，西李尚未有移宫之意，并传闻还要继续延期移出乾清宫。内阁诸大臣站在乾清宫门外，迫促李选侍移出。朱由校的东宫伴读太监王安在乾清宫内力驱，西李万般无奈，怀抱所生八公主，仓促离开乾清宫，移居仁寿宫内的哕鸾宫。至此，西李争当皇太后、把持朝政的企图终成泡影。
九月初六，朱由校御奉天门，如期即皇帝位，改明年为天启元年，庙号熹宗，后人又称他天启皇帝。这位新皇帝堂而皇之回到乾清宫后，“宫禁肃然，内外宁谧”，乱象一扫而空。
西李虽已“移宫”，但斗争并未结束。“移宫”数日，哕鸾宫失火，经奋力抢救，才将西李母女救出。反对移宫的官员散发谣言：选侍投缳，其女投井，并说“皇八妹入井谁怜，未亡人雉经莫诉”，指责天启帝朱由校违背孝悌之道。天启帝在杨涟等人的支持下批驳了这些谣传，指出“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵。厚养选侍及皇八妹，以遵皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣”。至此，“移宫”风波才算暂告结束。
在这场复杂的斗争中，有一个颇为引人注目的角色，就是日后不可一世的太监魏进忠（魏忠贤）。移宫案的主角虽然是西李，但为了给自己争权、争名分，她几乎是独自一人与廷臣展开了储君争夺战。当时廷臣方面，有刘一璟、周嘉谟、杨涟、左光斗等一干死硬的卫道者，勇与谋兼而有之，再加上内廷有王安与之呼应，势力甚为了得。可见西李当时面临的压力之大，几乎不是她一个妇人能承受的。她除了内廷有几个太监可供驱策之外，无人可给予支持。在几次争夺中，她又只顾耍蛮，屡屡失误，错失了不少良机，看起来好像气势很壮，实际上内心惶恐得很。魏进忠（魏忠贤）就是在此时，成为西李的重要智囊的。他不仅受命出面奔走，而且在关键时刻还能为西李指点迷津。他出的招，往往非常老辣，曾在不利之中为西李扳回了几分。实际上严格来说，明史上之所以有这个移宫案，始作俑者，乃魏进忠（魏忠贤）也。
魏进忠（魏忠贤）为何要支持西李呢？这个问题，不应绕开不谈。泰昌帝生前，西李有所依恃，既权势显赫，政治发展空间也很大。那个时候甘愿为她奔走，可说是利益驱动。可是当情况出现逆转，新皇帝就要即位，西李既不是储君的生母，又不是储君的嫡母，等于什么名分也没有。仅仅想以先帝遗孀的身份在未来政治格局中继续发威，可能性非常小。她身边的一伙内侍，受她的指使，拼命阻拦廷臣抢回储君，大多是出于习惯。主子一时还没倒，权力幻觉仍在，再加上太监集团天然对外廷的敌视，所以还想不到那么多，都在死力捍卫李选侍。
“移宫案”大幕就此拉下，然而，仍有余波未尽。接着发生了移宫案的一个附案--盗宝案。
盗宝
移宫之时，魏进忠（魏忠贤）见西李大势已去，便趁机策划和指挥了深夜盗宝。
据李逊之《三朝野记》卷二《天启朝纪事》记载：“（杨涟）声彻大内……王安等从中恐吓，选侍遂不及待侍从，手抱八宫主（皇八妹）徒步以行，凡簪珥衾裯之属，俱为群阉掠夺。踉跄奔至哕鸾宫，选侍泣下。内侍魏进忠（即魏忠贤）、刘朝、田诏等乘机窃取内帑，王安发其事，命立行追究。”
据说，九月初四晚，魏进忠（魏忠贤）弄熄了几个路口的路灯，带人开搬，趁黑也给自己藏了几件。有的人因怀揣的赃物太多，走路不便，匆忙之中跌倒，撒了一地。因行动不密，被宫中警卫发觉，宫内外立刻传开，朝议沸沸扬扬。
还有一个说法更为流行，是说李进忠和李选侍的心腹内侍刘逊、刘朝、田诏等人，见西李仓促移宫，便树倒猢狲散，昔日的卑躬屈膝一扫而空，根本不顾主子如何，把西李的首饰衣服劫掠一空，又趁机盗窃内府财宝。有人因为太贪心了，衣服里装得太多，路过乾清门时一个跟斗绊倒，被门卫发现。可巧，在这批人里，还有一个叫“李进忠”的，与当时的魏忠贤同名。
这可惹了大麻烦。新即位的朱由校得报大怒，吩咐王安追究，最后是将一干人都抓起来交到法司去了。唯独魏进忠（魏忠贤）脱逃，他见势不好，躲到了魏朝那里。
黄克缵时任刑部尚书，负责处理“盗宝案”。黄克缵虽然支持外延迫使李选侍移宫，以保证皇位的顺利交接，但不希望再生事端。因此，建议只要李选侍移宫，对其应加以优待，以顾全泰昌帝名誉，维持政局稳定。所以，在处置盗宝太监时，主张区别对待，主犯处死，其余人犯从轻发落。
当时，盗宝太监自知罪责难逃，也寄希望天启顾及西李，能网开一面，力主移宫的杨涟也上疏：“移宫自移宫，隆礼必两者相济，而后二祖列宗之大宝始安，先帝在天之灵始安。即本日缉获罪珰（盗宝太监），只宜歼厥一魁，无滋漫引。大抵宸居未定，先帝之社稷附托为重，平日之宠爱为轻。及宸居既安，既尽臣子防危之忠，即当体皇帝如天之度”。（李逊之《三朝野记》卷二《天启朝纪事》）天启本意是借严厉处置“盗宝案”一干人犯的气势，警告西李不要图谋干政，但又不肯留下“薄待先朝嫔妃”的口实，更不希望引起内宫、外延的纷争。
抓起来的那一批人，在法司里使了钱，倒还没受太大苦，他们异口同声说魏进忠（魏忠贤）是主谋。据此，首辅方从哲等人上奏，要求将魏进忠（魏忠贤）正法。
魏进忠（魏忠贤）先是痛哭流涕，表示追悔莫及，求魏朝赶紧到王安那里说情。
魏朝此时还识不破他的阴险嘴脸，马上行动。亏得魏朝在宫里资历长，脑袋还灵活，编了一套瞎话，说参与盗宝的是西李名下的另一个“李进忠”，不是此“魏进忠”。王安本就生性疏阔，视魏朝为心腹，这话也就把他蒙过去了。加之前一段时间魏进忠（魏忠贤）常给王安送人参，好印象还没消失，王安也就高抬了一次手。
暂时喘口气后，魏进忠（魏忠贤）又找到平时关系很不错的工科给事中李春烨、御史贾继春、刑部尚书黄克缵等人，哭啼不止，大呼冤枉，求他们帮忙上奏申明。其中李春烨为他用的劲儿最大。如此一来，魏进忠（魏忠贤）终获解脱。刘朝等人系狱一段时间后，也都花钱打点，大多被赦免了。
魏进忠（魏忠贤）就这样躲过了一劫。但饶是如此，他的情况也很不妙。
由于在移宫事件中表现恶劣，魏进忠（魏忠贤）遭到人们的谴责，对他的人品表示怀疑。大学士方从哲、刘一璟等上奏说：内官李进忠等辗转相攀，株连无已。御史左光斗等则希望皇上将魏进忠（魏忠贤）等“止法”。天启帝本人在回顾移宫事件始末时，对李进忠（魏忠贤）的所作所为也颇为厌恶。在上谕里起码有三次提到这个“魏进忠（魏忠贤）”，分别提到了：他为李选侍传话说奏章要选侍看过才给嗣君看；先帝宾天日受选侍之命“牵朕衣”；以及最要命的“盗库首犯”一事，随时可能被重新提起。
这么看来，魏进忠（魏忠贤）的上进之路，等于完全堵死了。移宫案，是魏进忠（魏忠贤）第一次登上政治舞台的演出，不过，这一脚，登上的却是贼船。上去容易，下来难啊！但使人难以理解的是，一年之后，天启帝居然对魏进忠信任有加，并为他赐名“魏忠贤”，放手让他专擅朝政，令人感慨系之。
移宫案与万历朝的梃击案、泰昌朝的红丸案一直是天启朝争论的问题，史称晚明三大疑案。这三大案牵涉到万历、泰昌、天启三代皇帝，但是以朱常洛为轴心人物。“梃击案”梃击的就是太子朱常洛，“红丸案”吃了红丸的也是朱常洛，“移宫案”则是朱常洛的宠妃西李选侍居占乾清宫。这三个案子虽说是皇帝家里头的事，但“三案”将朝廷注意力吸引到宫廷斗争，使朝廷不能将注意力集中到国家大政、要政上；而且加速了明末宦官魏忠贤专权，使本来腐败、黑暗的明末统治更加腐败、更加黑暗；更为重要的是“三案”成为党争题目。这样以来，三桩案子的意义早已超越了“宫案”本身。